Los Padres de San Diego se fundaron en el curso de la tercera expansión de las Grandes Ligas de Béisbol en 1969. Pero en 1936 ya había un equipo de ligas menores en San Diego que llevaba el nombre de Padres. Padres es español y conmemora a los monjes franciscanos que fundaron la ciudad de San Diego en 1769.
Liderados por el Sr. Padre (Tony Gwynn), no sólo llegaron a los playoffs en 1984, sino que también se aseguraron una aparición en la Serie Mundial. Pero después de 5 partidos tuvieron que ceder ante los Tigres de Detroit. En 1998, volvieron a alcanzar la Serie Mundial tras ganar a los Astros y a los Braves. Pero también en el segundo intento se quedó en nada, los Padres se enfrentaron a los Yankees de Nueva York de 1998, que hicieron una temporada extraordinaria y perdieron 0:4
Después de que los Padres tuvieran que compartir un estadio durante muchas décadas, su propio estadio, el Petco Park, se completó en 2004. En el distrito del centro, tiene una hermosa vista de parte del horizonte de San Diego. Ya en los escalones de la entrada, se puede reconocer al monje que empuña el bate con los colores del equipo, marrón, dorado y blanco. Este logotipo les ha acompañado desde su fundación, y todavía se puede ver como el logotipo de Alternate como parche lateral en las camisetas Alternate. El logotipo entrelazado de la SD, que sirve como logotipo principal, se ve en todas las gorras de los jugadores en el campo.
El futuro de los Padres está representado por los equipos de granja, los Chihuahuas de El Paso, los Missions de San Antonio, los TinCaps de Fort Wayne y los Storm de Lake Elsinore.